近日，中國水產(chǎn)科學研究院珠江水產(chǎn)研究所淡水蝦遺傳育種于凌云研究團隊在羅氏沼蝦基因組解析領域取得重要進展。其研究成果以 “A high-quality chromosome-level genome assembly and annotation of the giant freshwater prawn (Macrobrachium rosenbergii)” 為題，正式在線發(fā)表于國際知名專業(yè)期刊《Scientific Data》（JCR 1區(qū)）。該研究由于凌云副研究員和劉海洋博士共同擔任第一作者，王亞坤博士和朱新平研究員為共同通訊作者。

羅氏沼蝦作為全球重要的商業(yè)淡水蝦品種，憑借肉質(zhì)細膩、味道鮮美、營養(yǎng)豐富的特點廣受市場青睞。近年來，我國羅氏沼蝦養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)規(guī)模持續(xù)擴大，2023 年養(yǎng)殖產(chǎn)量已近 20 萬噸。然而，疾病頻發(fā)、種質(zhì)退化等瓶頸問題嚴重制約了產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。在此背景下，開展羅氏沼蝦精準遺傳改良，培育兼具多種優(yōu)良性狀的復合型新品種，以滿足日益增長的品質(zhì)需求，成為突破產(chǎn)業(yè)發(fā)展瓶頸的關鍵路徑。但長期以來，由于缺乏高質(zhì)量的基因組資源，羅氏沼蝦的種質(zhì)改良工作整體進展相對遲緩。

針對這一難題，于凌云研究團隊運用 PacBio HiFi 長讀長測序及 Hi-C 等先進技術(shù)，成功攻克了羅氏沼蝦基因組高雜合度、高重復序列占比以及大基因組規(guī)模組裝等技術(shù)難題，最終繪制高質(zhì)量的羅氏沼蝦基因組圖譜。該基因組大小為 2.96 Gb，其中 94.37% 的序列已成功錨定到 59 條染色體上，并鑒定得到 27,111 個蛋白質(zhì)編碼基因，完成 25,470 個基因的功能注釋。此研究是繼成功構(gòu)建 “臻珠 1 號” 羅氏沼蝦 200K 育種芯片和指紋圖譜等成果后取得的又一突破，不僅為羅氏沼蝦功能基因組學研究和分子育種工作提供了基因資源，更為推動羅氏沼蝦種質(zhì)創(chuàng)新、加速產(chǎn)業(yè)高質(zhì)量發(fā)展奠定了堅實的技術(shù)支撐。

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