日本從以前就有導入外來種之情形，由于和外來種共存之時期很長，這對生物多樣性之保育產生若干影響，因此就侵略性的外來種，必須實施制度性的檢討措施。引用生物多樣性公約締約國會議，有關侵略性外來種的早日預防和因應、防止暨移除指導原則，作為日本國內外來種對策之基本概念。

以環境面的「費用對效果」之觀點來看，防止帶來不良影響之外來種的定居附著，最為有效，倘侵入時早日排除之效果亦最高。(一)制度化時應檢討事項應教育國民有關外來魚種對策制度之基礎知識及概念。欲導入外來種時，應提出有關生態之基礎訊息，并依據專家之意見，判定該物種對生物多樣性之影響程度。目前日本已判定若干外來種對生物多樣性之影響程度。對造成不良影響之外來種的導入，需采取適當的管理措施。欲利用帶來不良影響之外來種之個體者，政府需設立機制，以采行適當的管理措施，防止個體逃離造成不良影響。據此應對個體施以適當的認知方法。
對日本導入的外來種，需監控其狀況，倘發生問題時需采取緊急措施。有關非蓄意性導入之侵略性外來種，須檢討在高導入地區采取監控方法。對在野外帶來問題或可能帶來問題之外來種，需設立計劃性的防止暨移除措施。政府應以國家整體觀點，而地方公共團體亦應配合地區的實況，設立防止暨移除措施。在多數固有種生存的地區，以生物多樣性之觀點來看，有防止外來種產生影響之必要地區，需設立防止暨移除之特別管理措施。

除教育國民使其了解外來種對策之重要性，并和各教育機關合作，以確保教材和人才。有關外來種的附著地定居狀況，除推動生物特性之基礎研究調查外，并開發防止暨移除以及監控之技術。(二)制度化及實施對策實時應注意事項
除確保預算和整頓體制外，由優先度高的地區開始實施現有科學研究和體制之可行性調查。

留意現有各種制度之整合性，建構處理外來種問題之合作機制，推動綜合性和有效性之對策。政府應支持地方公共團體配合地區的實況，推動外來種對策。已到防止暨移除之狀況時，需充分認知其是否為原本管理下不會喪失之生命體，并在建構制度時，以預防性觀點加以檢討。檢討輸入之相關制度時，要留意和會員國間之WTO協議之關系。