近日，中國水產科學研究院黃海水產研究所取得重要科研突破。該所海洋漁業資源分子生態學研究團隊成功破譯了鳀魚（學名：日本鳀，Engraulis japonicus）染色體水平基因組，相關研究成果已發表于國際期刊《科學數據》（Scientific Data）。這項研究為深入理解魚類資源對環境適應的分子機制，以及科學管理海洋魚類種群提供了重要依據。

鳀魚   課題組供圖

鳀魚是西北太平洋重要的中上層小型魚類，主要分布在我國渤海、黃海、東海，朝鮮半島沿海以及日本周邊海域。作為黃海、東海食物網的關鍵物種，鳀魚資源的興衰直接影響藍點馬鮫、帶魚等肉食性經濟魚類的餌料供應，在漁業生態系統食物鏈中承擔著能量傳遞的"橋梁"作用，具有極高的生態價值和經濟價值。

研究人員展示鳀魚   課題組供圖

研究團隊采用PacBio高保真長讀長測序技術、Hi-C染色體構象捕獲技術和Illumina短讀長測序技術，首次構建了鳀魚的高質量染色體水平基因組。該基因組大小為1467.6兆堿基對，重疊群N50長度為456.3千堿基對，其中1423.3兆堿基對錨定至24條染色體，覆蓋95.2%的組裝序列。

破譯鳀魚染色體水平基因組   課題組供圖

研究結果顯示，該基因組完整性高達94.07%，共注釋了780.9兆堿基對（54.9%）的重復序列。在重復序列中，長散在核元件（LINE）、短散在核元件（SINE）、長末端重復序列（LTR）和衛星DNA序列分別占基因組的6.3%、0.9%、9.1%和2.7%。研究還預測了24,405個蛋白編碼基因，其中97.15%的功能基因獲得數據庫注釋，同時預測出23,984個非編碼RNA（ncRNAs）。

黃海水產研究所專家表示，20世紀90年代，我國黃海、東海鳀魚年漁獲量曾高達百萬噸，是當時該海域單一物種資源量最大的魚種。但進入新世紀以來，鳀魚資源急劇衰退，漁獲物呈現低齡化、小型化特征，群體密度持續下降，目前已難以形成漁汛。鳀魚資源的可持續利用不僅關系到區域漁業經濟發展，更是維護黃海、東海生態系統穩定的關鍵所在。

據悉，這項研究成果為深入挖掘鳀魚遺傳資源、研究小型中上層魚類適應性進化以及開發資源高值化技術奠定了重要數據基礎，將為我國海洋漁業資源保護和可持續利用提供科學支撐。

黃海水產研究所研究員柳淑芳和博士王樂為共同第一作者，黃海水產研究所研究員莊志猛為通訊作者。

論文相關信息：

https://doi.org/10.1038/s41597-025-04423-z