在獲得巨大收益的同時，大規(guī)模地利用填海造地來發(fā)展工業(yè)經濟也給日本帶來了巨大的后遺癥。日本環(huán)境廳曾發(fā)表的調查數字顯示，自1945年到1978年，日本全國各地的沿海灘涂共減少了約3.9萬公頃，此后每年仍然以約2000公頃的速度消失。而最明顯的問題還應屬海洋污染，很多靠近陸地的水域里已經沒有了生物活動。同時，由于海岸邊都是工廠和砌著混凝土圍墻，人們已經很難接近岸邊、看到海岸的情況。整個日本的近海海域在經歷了20世紀六七十年代的嚴重工業(yè)污染之后，盡管政府開始立法要求各工廠和城市限制排污，并使情況得到了一定程度的緩解，但是要恢復以前的情況已經變得非常困難。

在東京、大阪等港口地區(qū)，由于海岸線都被垂直建筑所取代，使可以平衡海洋生態(tài)的海洋生物無法棲息在海岸邊。其實這種情況在日本全國都不同程度地存在著。而由于許多地方都已經沒有了自然的海岸線，取而代之的是各種混凝土擋墻和大壩，而工廠和城市長期排放污染物使得硫酸還原菌等細菌大量滋生，海底更是完全變了模樣，不但生物無法生存，更大量出現(xiàn)了赤潮的情況。過度的填海造地還導致了日本一些港灣外航道的水流明顯減慢、天然濕地減少、海岸線上的生物多樣性迅速下降。由于海水自凈能力的減弱，水質也日益惡化。總體來講，整個日本的近海海域在經歷了20世紀六七十年代的嚴重工業(yè)污染，要恢復到此前的生態(tài)環(huán)境已經非常困難。

為改善環(huán)境、遏制環(huán)境污染的勢頭，一方面，日本希望能利用科技的發(fā)展為環(huán)境的恢復做出努力。日本為此專門設立了再生補助項目。日本各種海洋環(huán)保研究機構不斷進行各種試驗，希望能夠找到一些恢復生態(tài)環(huán)境的好方法，這些試驗包括人造海灘、人造海岸、人造海洋植物生存帶等，目前已取得了一定的成效。但是，恢復受損環(huán)境是一項長期的工作，需要巨大的資金投入和其他投入，所以日本政府也邀請了世界各地的海洋、環(huán)保學者，并提供資金和設備進行研究和試驗。

另一方面，日本政府也加強了對填海造地及海洋環(huán)境的管理。按照日本現(xiàn)有法律規(guī)定，如果要進行填海造地工程，地方政府要首先組織各方人員進行廣泛調查，其中最主要的內容就是了解填海將對周圍環(huán)境造成怎樣的影響，隨后把報告再提交環(huán)境省審批。如今日本國內新的填海工程申請基本被禁止，只是城市垃圾的填埋有時會被考慮在內。對已經開工和計劃開工建設的填海工程，日本政府會在施工過程中實施定期監(jiān)督，其中包括對施工海域的環(huán)境調查、對生物多樣性的調查以及其他環(huán)境保護措施。對于恢復環(huán)境的工作思路，日本政府則充分全面地考慮了樹木、水和人三者之間的和諧，試圖建立生物多樣性的生態(tài)環(huán)境。例如在20世紀80年代，地處神戶地區(qū)的日本鋼鐵公司搬走后，兵庫縣及下轄尼崎市政府很快出錢把工廠空地買了下來，通過努力使其在20年后成為了一塊綜合性綠地。對于恢復環(huán)境的具體方式，日本政府考慮了多種樹木，選擇了不同樹種，采用了在靠海的地方植種比較高大的樹用來防風等方法。(來源: 中國海洋網)