近日,由黑龍江所梁利群研究員主持的“魚類耐鹽堿性狀轉錄組測序研究”課題組采用羅氏454測序平臺,分別完成了堿水、淡水雅羅魚鰓、腎組織的轉錄組表達差異研究。
研究中測序共得到1,826,022條序列,其中有效序列1,683,616條,平均長度298bp。序列經Newbler軟件拼接得到30,606個contigs,平均長度為1,022bp。蛋白質數據庫比對發現,19,196個contigs具有明確的生物學功能,與斑馬魚匹配的同源蛋白多達16,000條;數字差異表達譜分析顯示,共有2247個基因在堿水、淡水雅羅魚的鰓、腎組織中發生顯著變化,其中在堿水中上調基因1049個,下調基因1198個。目前測序數據的初步分析、整理工作已接近尾聲,數據深度挖掘工作正在有序進行中。
本項研究工作對揭示魚類耐鹽堿機理、培育性狀優良的魚類耐鹽堿新品種,具有十分重要的科學意義。