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    長江所發布銀鲴高質量染色體水平基因組
    2025-05-08 10:37:19  來源:長江水產研究所

    中國水產科學研究院長江水產研究所鰱鱔遺傳育種創新團隊在銀鲴種質資源挖掘方面取得新進展。

    由于基因組資源的缺乏,銀鲴的系統發育、適應性進化策略,以及優良性狀形成的遺傳基礎研究十分匱乏,制約了該物種資源的充分利用。研究團隊結合Pacbio CCS、Hi-C和Illumina測序技術對銀鲴基因組進行組裝,獲得了一個高質量的染色體水平銀鲴參考基因組。該基因組的大小為984.96 Mb,contig N50為36.02 Mb,其中99.47%的序列被掛載到24條染色體上,并且有18條染色體中沒有gap。該基因組注釋到560.27 Mb的重復序列,以及28533個蛋白質編碼基因。質量評估顯示,該基因組的BUSCO評估值為97.2%,二代數據比對率達99.89%,堿基的質量值(Qv)為52.22,并且掛載后的染色體基因組與近緣種細鱗斜頜鲴和團頭魴展示出良好的共線性,顯示出該基因組較高的完整性、一致度和掛載準確度。該研究成果為銀鲴的種質資源鑒定評價、適應性策略和優良性狀的遺傳基礎等提供了參考,也為深入解析鯉科魚類的系統發育和進化歷史提供了支撐。相關研究成果在國際期刊Scientific Data在線發表。

    銀鲴(Xenocypris argentea)是鯉科、鲴亞科的一種中小型淡水魚,廣泛分布在我國的主要水系和附屬湖泊中。它主要棲息在中下層水域,以腐殖質、硅藻和附著藻類為食,常被用作工具魚凈化水質。銀鲴生長快、病害少、繁殖力強且適應性強,可以生活在復雜多樣的水域中,常因地理隔離形成不同地理種群,遺傳資源豐富。

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