中國水產科學研究院東海水產研究所青蟹遺傳育種創新團隊與院部生物中心水產生物遺傳大數據研究與應用創新團隊合作，成功破譯了擬穴青蟹（Scylla paramamosain）（以下簡稱青蟹）基因組染色體圖譜，獲得國際首個高質量的青蟹基因組參考圖譜。研究成果于1月19日在Molecular Ecology Resources在線發表，這是團隊在獲得青蟹高密度遺傳連鎖圖譜以及成功選育生長速度提高20%的7代品系后的另一大重要進展，為青蟹新品種選育奠定了重要基礎。東海所趙明博士、王偉博士為文章的共同第一作者，馬凌波研究員、李炯棠研究員為共同通訊作者。該研究得到了國家重點研發計劃“重要養殖蝦蟹類種質創制與健康苗種繁育”項目、國家蝦蟹產業技術體系、上海市科技創新行動計劃以及院、所兩級基本科研業務費等的資助。

青蟹是我國兩大海水養殖蟹之一，2019年年產量達16.06萬噸，有非常重要的經濟價值。但由于缺乏高質量的基因組，分子輔助育種一直進展相對緩慢。大多數甲殼動物基因組雜合度高、重復序列多、染色體數目多，對基因組組裝造成了較大的困難。本研究采用混合測序和復合組裝策略，最終完成了青蟹全基因組組裝，獲得49條染色體序列，Contig N50達到191 kb，平均染色體長度29 Mb，覆蓋預測基因組大小的95.1%。青蟹基因組覆蓋度、連續性和基因完整性均高于已發表的三疣梭子蟹和中華絨螯蟹基因組圖譜，是目前蟹類中質量最高的基因組數據。

基因組水平的進化分析發現，青蟹與梭子蟹在42.51百萬年前分化，青蟹、三疣梭子蟹和中華絨螯蟹在染色體水平具有多次復制或融合事件；種群歷史分析發現青蟹的有效群體大小在更新世末期經歷了一次瓶頸期。對基因家族的分析發現蟹類相對于對蝦在視覺方面呈現出相反的進化路徑，相比對蝦而言蟹類的視覺基因數目明顯較少，且在幼體發育過程中的表達呈現相反的趨勢，這與兩類物種對光信號的敏感性一致。此外，對在化學信號感知中發揮作用的谷氨酸受體家族分析發現十足目甲殼動物、非十足目甲殼動物和昆蟲呈現出不同的進化方向。

東海所青蟹遺傳育種創新團隊多年來對青蟹種質研究與苗種繁育技術進行了持續攻關。在親本越冬保種技術、抱卵蟹孵化關鍵環節調控、苗種人工繁育規范、養殖示范模式等方面取得了系統性突破。通過聯合運用技術改進與集成，目前選育品系已培育到第7代，親本越冬后抱卵率提高到40%以上。以育苗過程中餌料組合、水質調控技術的優化組合，實現了繁育過程的穩產高產，建立了優質苗種穩定供應體系。近4年累計生產優質青蟹苗種1500萬只以上，所繁育的新品系苗種先后在浙江寧海、上海崇明與金山、江蘇金壇、甘肅蘭州、寧夏銀川、河北唐山等地開展養殖試驗。該新品系苗種在不同地區表現出適應能力強、生長速度快的優良性狀，取得了良好的示范推廣效果。

青蟹的基因組解析必將有力推動青蟹的分子選育進程以及甲殼動物學的研究，促進相關研究和產業快速發展。