中國水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所聯(lián)合院生物技術(shù)研究中心,成功破譯卵形鯧鲹基因組,繪制完成卵形鯧鲹基因組染色體圖譜,為深度解析卵形鯧鲹重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳基礎(chǔ),深入開展基因組選擇育種和分子設(shè)計(jì)育種等工作奠定了基礎(chǔ)。該研究成果于10月22日正式在Scientific Data雜志(IF=5.9)發(fā)表。全文鏈接:https://www.nature.com/articles/s41597-019-0238-8。
卵形鯧鲹基因組染色體圖譜繪制研究論文以南海水產(chǎn)研究所張殿昌研究員、郭梁助理研究員、郭華陽助理研究員、朱克誠副研究員為共同第一作者,張殿昌研究員和李炯棠研究員為共同通訊作者。該研究先后獲得國家海水魚類產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系、國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、中國-東盟海上合作基金等項(xiàng)目支持。
卵形鯧鲹俗稱金鯧,具有生長快、肉質(zhì)鮮美、全程可攝食人工配合飼料、養(yǎng)殖周期短和適合深水抗風(fēng)浪網(wǎng)箱養(yǎng)殖的特點(diǎn),是拓展深遠(yuǎn)海養(yǎng)殖的重要品種之一,目前是我國海南、廣東和廣西深水抗風(fēng)浪網(wǎng)箱養(yǎng)殖的主要品種。隨著其養(yǎng)殖規(guī)模的不斷擴(kuò)大,種質(zhì)退化、病害頻發(fā)等問題逐漸顯露。
研究團(tuán)隊(duì)利用第二、三代測序和Hi-C染色體構(gòu)象捕獲技術(shù),構(gòu)建了卵形鯧鲹染色體水平的基因組圖譜,研究揭示卵形鯧鲹基因組大小為655 Mb,contig N50和scaffold N50分別達(dá)到1.80 Mb和5.05 Mb,利用Hi-C技術(shù)成功將99.4%的組裝序列掛載到24條染色體上,染色體平均長度為26.84 Mb,鑒定出21915蛋白編碼基因。多種指標(biāo)表明,該基因組圖譜具有高可靠性。比較基因組分析卵形鯧鲹基因組與近緣物種基因組具有高度共線性和保守性。


